Однос нове власти према Богословском факултету у Београду био је саставни део државне и партијске политике на Београдском универзитету уопште, према свим осталим факултетима, наставницима и студентима. Тај однос се одликовао строгом и свакодневном контролом, покушајима идеологизације и политизације и усмеравањем рада у складу са идеолошким поставкама Комунистичке партије. Међутим, у овом случају, много је важнији био однос владајуће партије према религији и цркви које су сматране непомирљивим непријатељима новог поретка и атеистичког погледа на свет који је пропагиран. Зато је Богословском факултету, који је сматран црквеном и искључиво верском школском установом, одмах после рата предвиђано или укидање или издвајање са Универзитета на основу Устава из јануара 1946. који је прокламовао одвајање цркве од државе и школе и цркве. Први покушај државних власти да издвоје Факултет са Универзитета током 1946. није успео због политичких услова, отпора факултета и Синода и залагања водећих личности Цркве. Факултет је наставио да функционишеу оквиру Универзитета све до 1952. године када је укинут као државна установа, издвојен са Универзитета и предат у надлежност Цркве.